La salud humana no puede entenderse sin tener en cuenta el papel de los microorganismos que habitan en nuestro cuerpo. Convivimos con tantos microorganismos, especialmente en el intestino, que si sumáramos todo su ADN, este pesaría entre 100 y 200 veces más que el de nuestras propias células. Mientras el genoma humano tiene alrededor de 20 000 genes, el conjunto de genes del microbioma intestinal supera los 3 millones. En términos genéticos, somos más microbios que humanos. Lejos de ser simples pasajeros, estos microorganismos desempeñan funciones esenciales: ayudan a digerir la fibra, sintetizan vitaminas, regulan el sistema inmunológico, protegen frente a patógenos y producen neurotransmisores como la serotonina. Pero la composición de esta microbiota no es estática. Uno de los factores que más la modifica es la dieta. Cambios sostenidos en el patrón alimentario pueden alterar la abundancia y diversidad de especies microbianas, así como su perfil funcional, lo que afecta a la producción de metabolitos y su impacto en la salud.
Un estudio publicado en Nature Microbiology en enero de 2025 analizó a más de 21,000 personas de distintas partes del mundo, comparando cómo las dietas omnívora, vegetariana y vegana afectan la composición, diversidad y funciones de la microbiota intestinal. El objetivo principal fue identificar las “firmas” microbianas asociadas a distintos patrones dietéticos y evaluar su relación con marcadores de salud, especialmente aquellos relacionados con el riesgo cardiometabólico (colesterol, inflamación, resistencia a la insulina, etc.).
El estudio incluyó un total de 21,561 participantes, distribuidos en cinco cohortes independientes procedentes del Reino Unido, Estados Unidos e Italia. A cada individuo se le asignó una categoría dietética (omnívoro, vegetariano o vegano) según sus respuestas a cuestionarios validados de frecuencia alimentaria. Además, todos los participantes proporcionaron muestras fecales, las cuales fueron sometidas a secuenciación metagenómica. Para evaluar la calidad de las dietas más allá de su clasificación general, se calculó un Índice de Dieta Basada en Plantas Saludable (hPDI), que otorga puntuaciones más altas a quienes consumen mayores cantidades de alimentos vegetales no procesados, como frutas, verduras, legumbres y cereales integrales.
Los resultados del estudio revelan diferencias marcadas y consistentes entre los tres patrones dietéticos en términos de composición microbiana, diversidad, funciones metabólicas y asociación con la salud.
En primer lugar, se identificaron diferencias significativas en la estructura del microbioma según la dieta:
-Se observaron variaciones significativas en la composición y la diversidad de la microbiota intestinal entre los tres grupos dietéticos.
-Aunque los omnívoros presentaron una mayor riqueza microbiana (número total de especies), esto no se tradujo necesariamente en una microbiota más saludable.
-Las firmas microbianas veganas y vegetarianas fueron más consistentes y específicas entre los individuos.
En cuanto a los perfiles microbianos asociados a las dietas 100% vegetales, el estudio mostró una clara ventaja en términos de salud (figura 1):
-La microbiota de las personas veganas se enriqueció con bacterias productoras de butirato, un metabolito con efectos antiinflamatorios y beneficiosos para la integridad de la mucosa intestinal.
-Entre las especies destacadas figuran Roseburia hominis, Lachnospiraceae spp. y Butyricicoccus sp., todas ellas relacionadas con el metabolismo de la fibra. Son conocidas por promover una barrera intestinal sana y reducir el riesgo de enfermedades crónicas.
Respecto a las dietas omnívoras, se identificó una mayor presencia de microbios vinculados a efectos negativos para la salud (figura 1):
-Los omnívoros presentaron más bacterias asociadas al consumo de carne y grasas animales, como Bilophila wadsworthia, Ruminococcus torques y Alistipes putredinis.
-Estas especies se han relacionado con inflamación intestinal, mayor producción de TMAO y más elevado riesgo de etrastornos como enfermedad inflamatoria intestinal cáncer colorrectal y afecciones cardiovasculares.
El análisis del consumo específico de alimentos permitió establecer una relación entre los principales grupos alimentarios y determinadas especies microbianas:
-El consumo de carne mostró una correlación positiva con bacterias proinflamatorias, mientras que el consumo de frutas y verduras favoreció la presencia de microbios beneficiosos.
Por último, la relación entre microbiota y salud cardiometabólica fue uno de los resultados más relevantes del estudio (figura 2):
-Se utilizó el «ZOE Microbiome Health Rank», un índice que evalúa la asociación entre bacterias intestinales y marcadores cardiometabólicos.
-Los perfiles microbianos de las personas veganas mostraron asociaciones más favorables con marcadores de salud cardiometabólica, seguidos por los vegetarianos y, por último, los omnívoros.
-El índice ZOE MB Health Rank confirmó que las bacterias características de la dieta vegana se relacionan con un menor riesgo de enfermedades crónicas.

Figura 1. Los paneles superiores muestran la comparación de los microbiomas intestinales de personas omnívoras frente a vegetarianas, mientras que los paneles inferiores muestran la comparación entre omnívoros y veganos. a) Se representa la frecuencia de aparición (prevalencia) de las 30 especies microbianas más características de cada grupo. A la izquierda, en personas omnívoras; a la derecha, en vegetarianas. Entre paréntesis se indican los identificadores de cada especie (SGB). b) Este gráfico muestra cómo varía la abundancia relativa de esas especies microbianas según el tipo de dieta (omnívora frente a vegetariana), combinando los resultados de todas las cohortes. Se muestran las 30 especies con mayores diferencias entre los grupos. Las formas pequeñas representan los resultados de cada cohorte individual: en negro si la diferencia es estadísticamente relevante y en gris si no lo es. La barra horizontal negra solo se incluye para facilitar la lectura del gráfico. c) Aquí se muestra cómo se relaciona la presencia de esas bacterias con el consumo de cinco grandes grupos de alimentos: carne, lácteos, frutas, verduras y hortalizas. Se presentan los resultados combinados de todas las cohortes, con intervalos de confianza. d) Este panel analiza cómo se asocian esas bacterias con la calidad de la dieta, medida mediante el índice hPDI (que valora positivamente los alimentos vegetales saludables), en personas omnívoras y vegetarianas. e) Se presenta una puntuación de salud cardiometabólica para cada especie bacteriana. Cuanto más cerca de cero, más favorable es su relación con la salud; cuanto más cerca de uno, más negativa. f) Este gráfico muestra la capacidad de predecir la presencia de cada una de estas bacterias a partir de los hábitos dietéticos informados por los participantes (mediante cuestionarios), utilizando modelos de aprendizaje automático. g a l) Los paneles g a l repiten las comparaciones anteriores, pero esta vez entre omnívoros y veganos: prevalencia (g), diferencias en abundancia relativa (h), relación con alimentos (i), asociación con el índice hPDI (j), vínculo con la salud cardiometabólica (k) y predicción dietética mediante modelos (l).

Figura 2. Esta figura muestra cómo se relacionan las distintas especies bacterianas (SGBs) con la salud cardiometabólica, según el tipo de dieta. En el eje vertical (y) se representa el «ZOE MB Health Rank», una puntuación en la que los valores más cercanos a 0 indican una asociación más favorable con la salud cardiometabólica, mientras que los valores más próximos a 1 indican una relación menos favorable. En el eje horizontal (x) se comparan las bacterias que aparecen en distinta abundancia entre cada par de patrones dietéticos: omnívoros vs vegetarianos (600 especies), omnívoros vs veganos (724 especies), y veganos vs vegetarianos (41 especies). Cada punto representa una especie bacteriana, y el color indica con qué dieta está más asociada: rosa para omnívoros, morado para vegetarianos y verde para veganos. Los diagramas de caja (boxplots) resumen la distribución de las puntuaciones: muestran la mediana (línea central), el rango intercuartílico (caja) y los valores dentro de 1,5 veces ese rango (líneas o «bigotes»). Las diferencias entre grupos se evaluaron con pruebas t de dos muestras, y los asteriscos indican el nivel de significación estadística: * si p está entre 0.01 y 0.05, y *** si p es menor o igual a 0.001.
Mensaje principal: Nuestra dieta tiene un profundo impacto en la microbiota intestinal y, a través de ella, en la salud humana. Las personas con una alimentación basada en alimentos de origen vegetal presentan una composición microbiana más favorable, rica en bacterias asociadas a efectos antiinflamatorios y mejor salud cardiometabólica. En cambio, las dietas ricas en productos de origen animal se asocian con perfiles microbianos vinculados a enfermedades crónicas.